日本の税金システムが自己申告である以上、間違えや申告漏れ、無申告などいろいろな状況で税金を正しく納税できていない状況を想定できます。

となると、税務署としては、正しく納税してもらうために、納税額を決定する権限を持つ必要があり、もちろん納税額を決定する権限を持っています。

これによって、更正や決定の通知をおこなうことになります。
更正であればまだいいのですが、税務署から決定の通知が来ることは非常に恥ずかしいことであることを理解しておかなくてはいけません。
なぜなら、決定ということは、申告していなかったからそのような通知がきたという事になるからです。
アルバイトやパートタイマーでの収入で、勤務先で所得税が源泉徴収されていない場合、ある一定の所得を超えると納税の必要が出てきます。
しかし、「このくらい大丈夫だろう」「黙っていれば見つからないだろう」などといった甘い考えを持ち、申告していないでいると、ある日突然税務署から決定通知が来る可能性が非常に大きいです。
私の周りでもそのような経験をした人がいます。
確か、確定申告の期限から、1年以内にそのような決定通知が来ていたような気がします。
その人は「予定外の出費に頭が痛い」と言っていましたが、予定外ではなく、本来納めるべきものだったのですから、反省してほしかったですね。

他に、複数のアルバイト先で所得を得ている人が、そのうちの一つの申告をしていなかったということもあります。
こういった場合は、更正になってくるのでしょうか。

個人のこういったことであれば、税務調査に入ることもないでしょうが、法人の場合、3年後また税務調査で会いましょうと言うことになります。

出来ることなら、そういった事件で税について詳しくなっていくことは避けたいところですね。