日本の納税システムが、自己申告であり、その自己申告を正しく行っていなかったり、無申告でいたりすると、その納税者や事業所に対して、税務署は、適正な納税額を納付させるために、更正や決定といった通知をします。

うっかり申告を忘れていて、税務署から決定通知が届いて自分が申告していなかったことや、申告の必要があったということに気付くと言う人もいるでしょう。

これに対し、更正の請求は、過剰に税金を納めている場合に税務署長に申請するものです。
校税の請求が税務署長に認められれば、過剰に納めていた税金が還付されます。

更正の請求は納税者がおこなうものです。
これに対し、税務調査などで、税務調査官が修正申告をするように促してきたとき、納税者側がこれに対し不服を感じ、修正申告に応じないと、税務署は、更正処分を行ってきます。
これは、税務署からの一方的なものですから、納得がいかない場合、これに対して不服を申し立てる権利があります。

ニュースなどでまれにみられる、税務調査で申告漏れを指摘されたのに対して、納得がいかないとした企業が修正申告に応じず、法廷で争うことに発展する場合がこれに相当すると言っていいでしょう。

ただ、税務署に対して裁判で争う時は、非常に厳しい争いになると言われています。
時間と経費と精神力が必要となってくるため、零細企業は、法廷まで持ち込まないことが多いようです。

というのも、国税訴訟は、被告は国になるから。
国を相手に訴訟を起こすのですから、それなりの覚悟を持って不服を申し立てていく必要があるのです。